随着病虫害对农药抵抗力的提高，研究人员开发了各种新型农药，这使得农药残留的检测更加复杂。因此，农药残留分析技术的进步也受到高度重视。我国农药残留分析技术始于1950年代，当时农药残留分析的方法仅限于化学法、比色法和生物测定法。该检测方法缺乏特异性和敏感性。因此，开发了一种用于农药残留分析的农药残留检测仪。农药残留检测仪推动了农药残留分析技术的快速发展，大大提高了农药残留的检测水平。
高性能农药残留检测仪可将各组分与杂质分离，高灵敏度和特异性检测器解决了早期无法检测到的痕量农药、代谢物和降解产物的分析。自1980年代以来，农药残留检测仪已广泛用于农药残留分析，用于分析热不稳定和离子型农药及其代谢物。
进入新世纪，随着人们安全意识的提高，农民越来越受到重视，一些新技术被应用到农药残留检测仪上。虽然其中一些还存在一些理论和技术问题，但已经显示出潜在的应用前景。这些新技术主要包括自动索氏萃取（ASE）、固相萃取（SPE）、固相微萃取（SPME）、超临界流体萃取（SPE）等预处理技术。超临界流体色谱（SFC）、毛细管区带电泳（CZE）、免疫分析（IA）、液相色谱-质谱（LC-MS）、传感器技术等新型检测技术。
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